A principios de los 60 la compañía intentó retornar al género de superhéroes que había sido revitalizado con gran éxito por su rival DC Comics unos años antes. Stan Lee y Jack Kirby crearon entonces Los 4 Fantásticos inspirándose en los éxitos de DC Comics y en las historias de monstruos que Atlas publicaba. Este cómic fue un éxito absoluto revitalizando la compañía que comenzó una larga lista de títulos, el más popular de ellos fue sin duda «The Amazing Spider-Man» (el Asombroso Hombre Araña) creado por Lee y Steve Ditko.
Con el nuevo milenio, Marvel Comics escapó de la bancarrota y de nuevo comenzó a diversificar sus ofertas. En el 2001, Marvel dejó el Código de Autorización de los Comics y estableció su propio Sistema de Escalas Marvel para cómics. El primer título de esta nueva era fue X-Force #119 (Oct. 2001). Además de esto, está el altamente exitoso formato de Ultimate Marvel, el cual permitió a Marvel revitalizar a sus títulos con más ventas mediante la renovación de sus mayores héroes y villanos para que fueran accesibles a una nueva generación de lectores. Esta nueva versión se desarrolla en un universo que es paralelo al universo donde se desarrolla la «continuidad normal» de Marvel, permitiendo a los guionistas y dibujantes libertad para redefinir historias y caracteres de los personajes, de manera que todos estos cambios no afecten a la continuidad establecida.
Algunos personajes e historias se han convertido en películas de franquicia, el gran exponente viene siendo las películas de los X-Men, empezada en 2000, y la serie de Spiderman, comenzada en 2002. En 2006, Marvel creó un crossover llamado «Civil War» estableciendo en el universo Marvel un registro de superhéroes, provocando un cisma político y ético entre los superhéroes. Además ese año, Marvel creó su propia wiki.
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